受精卵經1小時吸水膨脹后，就可以裝入孵化桶或孵化槽中進行孵化。用塑料桶孵化時每桶裝受精卵5萬～10萬粒。
受精卵孵化積溫達100℃時，取一定數量的卵放入鑒別液中，經5分鐘后，卵內可看到白色線條狀胚體的卵即為受精卵發育狀態。鑒別液的配制為福爾馬林5毫升，甘油6毫升，冰乙酸4毫升，蒸餾水85毫升。
從時間安排上，受精卵經過半個月左右的時間到發眼期。發眼卵再經過半個月左右的時間，即能孵出仔魚。當平均水溫10℃時，孵化期全程30天左右。從受精卵至發眼卵期的日數約為孵化所需日數的一半。
孵化劃分為胚盤形成期、卵裂期、胚環和胚盾出現期、體節分化期、發眼前期和發眼期6個階段。
受精卵進行發育的前5個階段時應保證發育卵處于安靜狀態。孵化的管理上應該避免日光照射和機械震動，強光和機械震動對受精卵有致死作用，散射光對發育卵也有不良影響。孵化期間要注意保持水流暢通，水質潔凈，無污染。每周要有2～3次的揀卵工作，揀卵時要錯開魚卵的敏感期，要在流水中進行。
孵化用水要求水質澄清，無雜質和懸浮物，水溫適宜。孵化最適水溫為9～10℃，適溫范圍為7～13℃，孵化用水的溶氧量應高于6.5毫克/升。
此時發眼卵的管理很重要，因為發眼卵耗氧較多，即使短時間停水，也會因過于密集而造成缺氧窒息，因此孵化期間必須保證流水的供給，裝運時務必帶水操作。
卵對光線照射的抵抗力很弱，明亮光線照射數小時就會致死，因此一定要采取相應的避光措施，并在孵化的整個過程應保持安靜，防止一切噪聲的干擾，防止過于強烈的振動。
虹鱒魚受精卵吸水膨脹后，發眼卵即將破膜的前幾天，經過計數后放入孵化器進行孵化。孵化器可用孵化槽或孵化池。孵化用水自下部流經全部魚卵后從上部溢出，整個孵化期間要使魚卵處于安靜狀態，并嚴格采用避光措施。
進入發眼期的受精卵稱為發眼卵，溫度累積為220℃?日左右。發眼期胚胎對外界刺激的敏感性最低，是發育階段上的安全期，此時可以進行長途運輸。
當孵化積溫達220℃?日左右，卵內眼點較清晰時，將桶內的發眼卵倒入平列槽的孵化盤內，加上遮蓋物遮光。根據每槽的大小，保持一定注水量，1周左右發眼卵即可全部破膜出苗。
每天早、晚各觀察1次，輕輕搖動孵化盤，便擠壓在下層的魚苗能得到翻動。調整注水量、刷洗孵化盤的多孔篩子，保持水流通暢，嚴防缺氧窒息。當孵化盤內表層水面出現許多油膜時，表明已大量出苗。
每萬粒卵的注水量為每分鐘8～10升。應及時清除死卵。當孵化槽內魚卵開始出現破膜仔魚時，應加強檢查，做好清除卵皮和死苗的工作。注意飼育環境的清潔衛生，經常刷洗槽孔，保持水流暢通。剛孵化出來的仔魚體質嫩弱，體色很淡，具有卵黃囊，伏臥于孵化槽底，體長15毫米左右，靠吸收卵黃囊的營養繼續發育，經16～20天后，卵黃囊逐漸吸收，體表黑色素增多，游動能力增強。
從虹鱒魚孵出至上浮期稱為仔魚；從上浮至攝食餌料，稱為上浮稚魚；攝食至5月齡左右、體重達10克左右時，稱為稚魚。
