幾種特殊情形下增值稅留抵稅額的處理方法：
一、增值稅一般納稅人經(jīng)營地點(diǎn)遷移時增值稅留抵稅額處理
《關(guān)于一般納稅人遷移有關(guān)增值稅問題的公告》(國家稅務(wù)總局2011年第71號公告)規(guī)定：
(一)增值稅一般納稅人(以下簡稱納稅人)因住所、經(jīng)營地點(diǎn)變動，按照相關(guān)規(guī)定，在工商行政管理部門作變更登記處理，但因涉及改變稅務(wù)登記機(jī)關(guān)，需要辦理注銷稅務(wù)登記并重新辦理稅務(wù)登記的，在遷達(dá)地重新辦理稅務(wù)登記后，其增值稅一般納稅人資格予以保留，辦理注銷稅務(wù)登記前尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額允許繼續(xù)抵扣。
(二)遷出地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)認(rèn)真核實(shí)納稅人在辦理注銷稅務(wù)登記前尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額，填寫《增值稅一般納稅人遷移進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)移單》。《增值稅一般納稅人遷移進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)移單》一式三份，遷出地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)留存一份，交納稅人一份，傳遞遷達(dá)地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)一份。
(三)遷達(dá)地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)將遷出地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)傳遞來的《增值稅一般納稅人遷移進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)移單》與納稅人報(bào)送資料進(jìn)行認(rèn)真核對，對其遷移前尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額，在確認(rèn)無誤后，允許納稅人繼續(xù)申報(bào)抵扣。
二、增值稅一般納稅人資產(chǎn)重組中增值稅留抵稅額處理
《關(guān)于納稅人資產(chǎn)重組增值稅留抵稅額處理有關(guān)問題的公告》(國家稅務(wù)總局2012年第55號公告)規(guī)定：
(一)增值稅一般納稅人(以下稱“原納稅人”)在資產(chǎn)重組過程中，將全部資產(chǎn)、負(fù)債和勞動力一并轉(zhuǎn)讓給其他增值稅一般納稅人(以下稱“新納稅人”)，并按程序辦理注銷稅務(wù)登記的，其在辦理注銷登記前尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額可結(jié)轉(zhuǎn)至新納稅人處繼續(xù)抵扣。
(二)原納稅人主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)認(rèn)真核查納稅人資產(chǎn)重組相關(guān)資料，核實(shí)原納稅人在辦理注銷稅務(wù)登記前尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額，填寫《增值稅一般納稅人資產(chǎn)重組進(jìn)項(xiàng)留抵稅額轉(zhuǎn)移單》。《增值稅一般納稅人資產(chǎn)重組進(jìn)項(xiàng)留抵稅額轉(zhuǎn)移單》一式三份，原納稅人主管稅務(wù)機(jī)關(guān)留存一份，交納稅人一份，傳遞新納稅人主管稅務(wù)機(jī)關(guān)一份。
(三)新納稅人主管稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)將原納稅人主管稅務(wù)機(jī)關(guān)傳遞來的《增值稅一般納稅人資產(chǎn)重組進(jìn)項(xiàng)留抵稅額轉(zhuǎn)移單》與納稅人報(bào)送資料進(jìn)行認(rèn)真核對，對原納稅人尚未抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額，在確認(rèn)無誤后，允許新納稅人繼續(xù)申報(bào)抵扣。
三、增值稅一般納稅人清算注銷時增值稅留抵稅額處理
(一)《關(guān)于增值稅若干政策的通知》(財(cái)稅[2005]165號)規(guī)定：一般納稅人注銷或被取消輔導(dǎo)期一般納稅人資格，轉(zhuǎn)為小規(guī)模納稅人時，其存貨不作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出處理，其留抵稅額也不予以退稅。
(二)《企業(yè)所得稅法》第八條和《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第三十一條的規(guī)定：企業(yè)發(fā)生的除企業(yè)所得稅和允許抵扣的增值稅以外的各項(xiàng)稅金及其附加，準(zhǔn)予在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時扣除。
因此雖然一般納稅人注銷時留抵的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額不予以退稅，但在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時是準(zhǔn)予扣除的。
(三)根據(jù)國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《中華人民共和國企業(yè)清算所得稅申報(bào)表》的通知(國稅函[2009]388號)，應(yīng)將其填入《企業(yè)清算所得稅申報(bào)表填報(bào)說明》附表二《負(fù)債清償損益明細(xì)表》第9行“應(yīng)交稅費(fèi)”中，并以此在清算申報(bào)表主表第二行“負(fù)債清償損益”中反映。
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